ABSTRACT
Acinetobacter baumannii es una bacteria, causante de infecciones asociadas a la atención en salud como neumonía, septicemia, meningitis e infecciones urinarias entre otras. Se caracteriza por su capacidad para desarrollar y acumular rápidamente una gran variedad de mecanismos de resistencia a antibióticos. En esta investigación se realizó el análisis genómico de una cepa de A. baumannii ABIBUN 107m que forma parte de un clon persistente en hospitales colombianos, resistente a los antibióticos carbapenémicos (imipenem y meropenem), antibióticos de elección en el tratamiento infecciones causadas por este microorganismo. El genoma de esta bacteria fue secuenciado utilizando técnicas de alto rendimiento, ensamblado y anotado, obteniéndose un genoma constituido por 3954000 pb con 56 contigs; consta de 4256 genes con un tamaño promedio de 912 pb; 3796 CDS de los cuales por anotación 2884 se asignaron a COG; 57 tRNA y un porcentaje de GC de 38,74%. A. baumannii ABIBUN 107m es resistente a β-lactámicos, aminoglicósidos, quinolonas, tetraciclina, sulfonamida y colistina. En su genoma se localizaron genes asociados con el perfil de resistencia ya que presenta serin β-lactamasas (blaADC-38, blaOXA-64, blaOXA-23, bla ampC-like, bla amp(H)-like), metalo β-lactamasa_B; proteínas de unión a penicilina de elevada masa molecular, secuencias de inserción tipo ISAba1; mutaciones en los genes de DNA girasa y topoisomerasa IV subunidad A (gyrA y parC); enzimas modificadoras de aminoglicósidos (aphA-like, aad -like); cloranfenicol aciltransferasa (cat) y dehidropteroato sintasa (sul-1). Se identificaron genes pertenecientes a cinco familias de sistemas de eflujo (RND, MATE, MSF, ATP, SMR).
Acinetobacter baumannii is a bacterium causing health care associated infections such as pneumonia, septicemia, meningitis and urinary infections amongst others. It has great capacity to quickly develop and gather a big variety of drug resistance mechanisms. In this research, the genome of strain A. baumannii ABIBUN 107m was analyzed wich forms part of a persistent clon in Colombian hospitals and its also resistant to carbapenems (imipenem and meropenem), which are the election antibiotics for treatment of infections caused by this microorganism. The genome was sequenced using high performance technology, assembled and annotated. As a result, we obtained a 3954000 bp genome, with 56 contigs; 4256 genes with average size of 912 bp; 3796 CDS; 2884 were assigned to COG; 57 tRNA and GC percentage of 38,74%. The A. baumannii strain ABIBUN 107m, is resistant to the following antibiotic groups: β-lactams, aminoglycosides, quinolones, tetracycline, sulfonamide and colistin. Genes associated with this resistance profile were found in A. baumannii ABIBUN 107m genome serino β-lactamases (blaADC-38, blaOXA-64, blaOXA-23, bla ampC-like, bla amp(H)-like), metallo β-lactamase_B; High Molecular Mass penicillin binding proteins, ISAba1 type insertion sequences, mutations of DNA gyrase and topoisomerase IV subunit A (gyrA and parC); aminoglycoside modifying enzymes (aphA-like, aadA-like); choramphenicol acyltransferase (cat) and dehydropteroate synthase (sul-1). Genes belonging to five different efflux systems were identified (RND, MATE, MSF, ATP, SMR).
ABSTRACT
Antecedentes: el síndrome coronario agudo es una emergencia clínica que se manifiesta principalmente por dolor torácico. Su diagnóstico representa un desafío clínico y su reconocimiento temprano es fundamental para el tratamiento. Objetivo: describir las características clínicas, identificar abordajes terapéuticos y conocer los desenlaces de los pacientes con diagnóstico definitivo de síndrome coronario agudo hospitalizados por el servicio de medicina interna y cardiología entre el 1° de enero de 2009 hasta 31 de diciembre de 2010 en el Hospital San José. Métodos: se realizó una descripción de una cohorte de pacientes con diagnóstico de síndrome coronario agudo (infarto miocárdico con y sin elevación del segmento ST y angina inestable). Se analizaron variables demográficas, características clínicas, tratamiento y desenlaces a los cuales se calcularon promedio, desviación estándar y proporciones según la naturaleza de las mismas. Resultados: se reportan 133 pacientes. El 63% correspondió a hombres, el promedio de edad fue de 64.8 años. La frecuencia de eventos fue 45.9% IMEST, 39% IMSEST y 15.1% anginas inestables. El 96.2% de los pacientes consultó por dolor torácico, 50.7% presentaron dolor en las primeras seis horas de evolución. El 93% recibió betabloqueador, 88% IECA, 87% clopidogrel y 97% ASA. Se trombolizó al 82% de los pacientes en ventana. La mortalidad intrahospitalaria fue del 8.7%. Conclusiones: en la población estudiada predominó el síndrome coronario agudo sin elevación del segmento ST. La mayoría de pacientes consultaron por dolor torácico retroesternal, en las primeras horas de inicio. El porcentaje de uso de los medicamentos fue adecuado. La reperfusión inmediata en pacientes con IMEST fue alta, sin embargo aún tenemos pacientes que no se benefician de esta terapia y el uso de angioplastias primarias fue muy bajo. (Acta Med Colomb 2014; 39: 124-130).
Background: acute coronary syndrome is a medical emergency that is manifested mainly by chest pain. The diagnosis is a clinical challenge and its early recognition is essential for treatment. Objective: to describe the clinical characteristics, identify therapeutic approaches and recognize the outcomes of patients with a final diagnosis of acute coronary syndrome hospitalized in Internal Medicine and Cardiology services between January 1, 2009 until December 31, 2010 at the Hospital San José. Methods: description of a cohort of patients diagnosed with acute coronary syndrome (myocardial infarction with and without ST segment elevation and unstable angina) was performed. Demographic variables, clinical characteristics, treatment and outcomes were analyzed and average, standard deviation and proportions were calculated according to their the nature. Results: 133 patients were reported. 63% were men, the mean age was 64.8 years. The event rate was 45.9% STEMI, 39% NSTEMI and unstable angina 15.1%. 96.2% of patients consulted for chest pain, 50.7% had pain in the first six hours of evolution. 93% received beta-blockers, 88% ACE inhibitors, 87% clopidogrel and 97% ASA. 82% of patients in window underwent thrombolysis. The hospital mortality was 8.7%. Conclusions: in the studied population acute coronary syndrome without ST segment elevation predominated. Most patients consulted by retrosternal chest pain in the early hours of onset. The percentage of drug use was appropriate. Immediate reperfusion in STEMI patients was high; however we still have patients who do not benefit from this therapy and the use of primary angioplasty was very low. (Acta Med Colomb 2014; 39: 124-130).